Veterinarski specijalistički institut „Niš“ u Nišu najstarija je specijalistička veterinarsko-medicinska organizacija u Republici Srbiji, a jedna je od najstarijih i u bivšoj Jugoslaviji.
Institut je počeo sa radom maja 1941. godine, otvaranjem Odeljenja za veterinarsku epidemiologiju pri Pasterovom zavodu u Nišu (sadašnji Higijenski zavod) od strane Ministarstva za poljoprivredu Srbije.
Rešenjem Ministarstva za poljoprivredu broj 298/IV od, 02. juna 1941. godine, viši veterinarski pristav, Dr Kosta Petrović, koji je do tada radio u Veterinarskom bakteriološkom zavodu u Skoplju, postavljen je za Višeg veterinarskog pristava iste položajne grupe u Odeljenju za veterinarsku epidemiologiju pri Higijenskom zavodu u Nišu.
Naredbom br. 1 od, 29. decembra 1944. godine, odlukom Veća šefova odeljenja i odseka, Odeljenje za veterinarsku epidemiologiju prerasta u Veterinarski odsek. Na mesto šefa tog Odseka postavljen je Dr Kosta Petrović.
Po oslobođenju, 1948. godine, Odsek prerasta u posebnu ustanovu Reonski veterinarski bakteriološki zavod u Nišu, sa područjem rada na čitavom jugoistoku Srbije.
Reorganizacijom i objedinjavanjem veterinarske službe, 1957. godine, osnovan je Veterinarski centar u Nišu, kao specijalistička organizacija u jugoistočnom delu Srbije. Na osnovu Zakona o narodnim odborima srezova, Narodni odbor sreza Niš, na sednici održanoj, 25. februara 1957. godine, doneo je rešenje broj 4552/57 o osnivanju Veterinarskog centra sreza Niš sa sedištem u Nišu. Centar je formiran kao ustanova sa samostalnim finansiranjem, na lokaciji na kojoj se i danas nalazi.
Rešenjem Narodnog odbora opštine Crveni Krst broj 3977, od 15. aprila 1957. godine, Veterinarski centar je upisan u registar ustanova sa samostalnim finansiranjem.
U skladu sa važećim zakonskim propisima Veterinarski centar „Niš“ u Nišu je, 11. septembra 1981. godine, preregistrovan u Stočarsko veterinarski centar „Niš“ u Nišu.
Zakonom o zdravstvenoj zaštiti životinja, „Službeni glasnik RS“, br. 50/92, ugašen je Stočarsko veterinarski centar „Niš“ i od njega su osnovane tri nove jedinice: Veterinarski specijalistički institut „Niš“, Stočarsko veterinarski centar za reprodukciju i veštačko osemenjavanje „Niš“ i Veterinarska stanica „Gadžin Han“ u Gadžinom Hanu. Deobnim bilansom, br. 110, od 21. aprila 1993. godine.
Sistem upravljanja kvalitetom prema zahtevima standarda SRPS:ISO 9001:2001 u Institutu ustanovljen je, 05. decembra 2005. godine.
Nakon višegodišnjeg rada, 11. juna 2007. godine, izvršena je akreditacija Sektora za laboratorijska ispitivanja prema zahtevima standarda SRPS ISO/IEC 17025:2006.
